Діяльність Центру базується на Конституції України, Законах України “Про охорону культурної спадщини”, “Про охорону археологічної спадщини”, “Про наукову і науково-технічну експертизу”, “Про наукову і науково-технічну діяльність”, Європейській конвенції про охорону археологічної спадщини (переглянута), Конвенції про охорону всесвітньої культурної і природної спадщини.

Поточна робота Центру регламентується його Статутом, постановами та розпорядженнями Президії НАН України, науково-методичними документами  Інституту археології НАН України, а також іншими нормативно-правовими актами відповідно до основних напрямків своєї діяльності (Державні будівельні норми (ДБН), Відомчі будівельні норми (ВБН), Державні стандарти України (ДСТУ) тощо).

Всю роботу Центру організовує директор, який персонально відповідає за її результати перед Президією НАН України та Інститутом археології НАН України.